Setelah Klinkert berhasil menyelesaikan terjemahan Perjanjian Baru dalam bahasa Melayu rendah. Niatnya mempelajari bahasa Melayu dan menjadi penerjemah Alkitab Bahasa Melayu semakin memenuhi hasratnya. Lembaga Alkitab Belanda melihat dan menilai terjemahan PB Bahasa Melayu yang diterjemahkan Klinkert dan tertarik untuk mempekerjakannya. Baru pada tahun 1863 Lembaga Alkitab Belanda menugaskan Klinkert untuk menerjemahkan Alkitab lengkap dalam Bahasa Melayu. Namun karena bahasa Melayunya dinilai masih terlalu rendah, dan terlalu banyak dipengaruhi oleh dialek Minahasa. Ia diberi kesempatan untuk tinggal di antara orang yang berbahasa Melayu tulen. Maka tahun 1864 berangkatlah Klinkert sekeluarga ke Tanjungpinang, Riau. Selama tinggal di Tanjung Pinang, Klinkert sekeluarga mengalami masa-masa yang sulit, bahkan sampai istrinya meninggal karena TBC. Namun dia diperkaya oleh khasanah budaya dan sastra Melayu. Ini menolongnya tugasnya sebagai penerjemah Alkitab bahasa Melayu.

Pertama-tama adalah kitab Injil Matius yang berselesai diterjemahkan Klinkert, yang kemudian diterbitkan pada tahun 1868. Lalu menyusul kemudian Perjanjian Baru berhasil diselesaikan dan diterbitkan pada tahun 1870. Semua penerjemahan tersebut dikerjakan Klinkert di Negeri Belanda. Setelah PB diterbitkan, kini dia mulai fokus untuk menerjemahkan kitab-kitab Perjanjian Lama. Untuk memperdalam dan menyegarkan bahasanya, Klinkert kembali ke Asia Tenggara dan tinggal di Malaka selama enam bulan. Dan pada tahun 1879, seluruh terjemahan Alkitab lengkap dalam Bahasa Melayu yang ditulis dalam aksara latin berhasil diselesaikannya.

Setelah pekerjaan penerjemahannya selesai pada tahun 1878 di Belanda, Lembaga Alkitab Belanda mengangkatnya sebagai pengajar di Municipal Institute for Education of Civil Servants for the East Indies di Leiden. Pekerjaannya adalah sebagai dosen di Institut tersebut, yang bergabung dengan Universitas Leiden pada tahun 1890, hingga tahun 1904. Ia mengajar bahasa dan literatur Melayu untuk mahasiswa tahun pertama dan kedua. Ia terus mengumpulkan data dan mempublikasikan karya-karya yang berhubungan dengan linguistik.

Di masa tuanya, Klinkert masih meneliti tiap peredaksian terjemahan Alkitabnya, walaupun ia tidak lagi bekerja sepenuh waktu di bidang terjemahan. Bahkan ketika timbul gagasan untuk mencetak Alkitab Klinkert dalam huruf Arab, ia menulis tiap ayat dengan tangannya sendiri, serta menghiasi naskahnya dengan gaya yang khas untuk kitab-kitab suci yang berhuruf Arab. Ia meninggal pada tahun 1913. Terjemahan Klinkert mulai popular digunakan sejak awal abad ke-20 dan dicetak sampai 5.000 eksemplar. Versi Perjanjian Lamanya masih digunakan dalam Alkitab Terjemahan Lama hingga tahun 1974 ketika Lembaga Alkitab Indonesia menerbitkan Alkitab Terjemahan Baru.[3FQ]